“密”，是军机处的最大特点。军机处成立后，雍正三令五申地告诫属下“臣不密则失身”的道理，并规定军机处外面由护军把守，上至王公大臣、下至太监宫女，都严禁私入。甚至服务人员，也规定必须是十五岁以下不识字的小太监，称为“小么童”，十五岁之后，就立刻换新人。而占军机处文书大头的“廷寄”，与文武大臣向皇帝呈递的“奏折”，更是改变了古代中国长期以来的公文惯例。

今天，“上朝批折子”是人们对皇帝工作的主要印象。殊不知，清代之前的皇帝，是“不批折子”的。奏章摆在皇帝案头，需经过复杂的流程。以明朝为例，当时地方各省及中央各部的上行公文，若有关公事的，叫“题本”；有关私事的，叫“奏本”。这些“本”首先要汇总到相当于国务院办公厅的通政使司，然后交给内阁。内阁先“票拟”附上处理意见，与奏本一同送达皇帝审批。皇帝用朱笔写下意见后再发给内阁执行，这叫“批红”。

明朝中叶后，皇帝对政务懈怠，往往将“批红”权力交予司礼监，让首席秉笔太监按照皇帝的意思作“朱批”。明朝这套政务处理流程，虽然开了太监参与朝政的后门，也对皇权形成了制约。因为内阁首先阅览奏章，在皇帝过目之前，就拟定了意见。即便皇帝驳回了内阁的“票拟”，内阁也会想法子补救。慢慢地，内阁首辅变成事实上的宰相。如果他与首席秉笔太监关系密切，且皇帝年纪幼小，那么，决策权就掌握在内阁首辅手中。例如万历年间的张居正，属下官员上“奏本”，内阁依张居正的意思“票拟”，政治盟友冯保控制的司礼监再“批红”，“万历新政”就这样雷厉风行地推行开了。

为了避免自己被内阁蒙蔽，康熙中期发明了奏折制度——皇帝亲信秘密地直接呈递报告，皇帝通过秘密报告，掌控全局。奏折绕过了内阁，这保证皇帝不受干扰地贯彻自己的意志，实现权力集于君主一身。

雍正完善了奏折制度。他不仅将有权写折之人扩展至大学士、各省督抚、藩、臬、提、镇，也在保密措施上下足了功夫。首先，密折均直达御前，中间不经过任何人转手；而且密折只能由皇帝一个人批阅，即便是军机大臣也不能过目。

在《朱批谕旨》前言中，雍正自得地说：“此等奏折，一字一句皆出朕之心思，无一件假手于人，亦无一人赞襄于侧。”大臣与皇帝之间的密折与朱批，由特制匣子传递。大臣与皇帝一人一把钥匙，除此之外，没有人能够打开匣子。即便如此，雍正还要谆谆叮嘱臣下不要泄露密折内容。鄂尔泰是雍正最信任的宠臣之一，雍正在给鄂尔泰的侄子鄂昌奏折的朱批中告诫他，“不可令一人知之，即汝叔鄂尔泰亦不必令知。”就是朱批过的奏折，雍正依然不放松，还下旨要求具奏人在一定时间内交回宫中保存，本人也不得抄录留底，否则严惩不贷。