三月十七日半夜，守城太监曹化淳率先打开外城西侧的广甯门。三月十九日清晨，兵部尚书张缙彦主动打开正阳门，迎刘宗敏率军，崇祯皇帝在景山自缢。二十七日，大顺军开始拷掠明官，四处抄家。刘宗敏制作了五千具夹棍，木皆生棱，用钉相连，夹人之后无不骨碎。凡拷夹百官，大抵家资万金者。数稍不满，再行严比，夹打炮烙，备极惨毒，不死不休，死者有1600余人。

怀玉公主随祁英出宫，南下避难。五月，到留都金陵，隐身于玉荷园。

同行的杨宛与田妃之妹田淑英死于途中。

顺治元年（1644）五月，明朝留都官僚拥立福王朱由崧为帝，建立南明弘光政权。不久，***的弘光政权就党争不断，内讧不已，到处搜刮掠夺，祸国殃民。

顺治元年（1644）十月，清廷以豫亲王多铎为定国大将军，率两万骑兵征讨南明。不久，因陕西李自成大顺军日炽，多铎奉命转兵西征，从而给弘光政权以喘息之机。十一月，史可法筹划淮河防御，先后数十次上疏，但南明朝廷上下醉生梦死，不予重视，失去了宝贵的时机。

顺治二年（1645）正月，清军攻破潼关击败大顺军。三月，驻武昌之宁南侯左良玉以“清君侧”之名，率部东下。弘光政权急调黄得功部赴长江抵御。清军乘机趋徐州，南明总兵李成栋登舟南遁，清军遂连陷颍州、亳州和砀山。四月初九，占领徐州。

顺治二年（1645）四月十八日，南明降将李成栋引清军包围扬州城，史可法急檄各镇赴援，无一前来。二十五日，清军急攻破城，史可法被俘，不屈就义。其残部和百姓继续巷战，直至矢尽人亡。清军屠城十日，其暴行惨状骇人听闻：“诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土。满地婴儿，或衬马蹄，或藉人足，肝脑涂地，泣声盈野……”或“遇一卒至，南人无论多寡，皆垂首匍匐，引颈受刃，无一敢逃者。”

顺治二年（1645）五月初八日，清军乘大雾夜渡长江，次日克镇江。南明沿江守军皆溃。十四日，清军自镇江南下丹阳，西趋句容，直抵南京城下，南明遣臣迎降。二十二日，清军俘获逃奔芜湖的弘光帝朱由崧。

顺治二年（1645）六月初五日，清廷令江南各处军民尽皆剃发，并继续抚剿江南未下城邑。清军自常州、无锡直取苏州，十三日进入杭州。清廷的剃发令促使民族矛盾激化，江南各地军民纷纷起兵抗清，其中最著名者为嘉定、江阴二城。十七日，嘉定城民在黄淳耀、侯峒曾等领导下，坚守孤城，抗击清兵。至七月初四日李成栋引清军破城。江阴人民在阎应元等指挥下，自闰六月初一日至八月二十一日，守城81天，先后挫败24万清军的进攻。九月二十一日，清廷于江宁设驻防将军，派兵部尚书洪承畴经略江南，以汉治汉，招抚江南各省。

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